分子是由原子构成，原子由原子核和核外电子组成。跟原子同一级的是离子。原子=原子核+电子。原子核=中子+质子。中子（质子）=2顶夸克+1底夸克。
分子的结构
分子结构分子结构或称分子立体结构、分子、分子几何，建立在光谱学数据之上，用以描述分子中原子的三维排列方式。分子结构在很大程度上影响了化学物质的反应性、极性、相态形状、颜色、磁性和生物活性。
分子结构最好在接近绝对零度的温度下测定，因为随着温度升高，分子转动也增加。量子力学和半实验的分子模拟计算可以得出分子形状，固态分子的结构也可通过X射线晶体学测定。体积较大的分子通常以多个稳定的构象存在，势能面中这些构象之间的能垒较高。
分子结构涉及原子在空间中的位置，与键结的化学键种类有关，包括键长、键角以及相邻三个键之间的二面角。
什么是分子
分子是独立存在而保持物质化学性质的最小粒子。分子有一定的大小和质量；分子间有一定的间隔；分子在不停的运动；分子间有一定的作用力；分子可以构成物质,分子在化学变化中还可以被分成更小的微粒：原子。分子可以随着温度的变化，在3态中互相转换。同种分子性质相同，不同种分子性质不同。
最小的分子是氢分子的同位素，是没有中子的氢分子,称为氕,质量是1.大的分子其相对分子质量可高达几百万以上。相对分子质量在数千以上的分子叫做高分子。分子是组成物质的微小单元，它是能够独立存在并保持物质原有的一切化学性质的最小微粒。
分子一般由更小的微粒原子构成．按照组成分子的原子个数可分为单原子分子，双原子分子及多原子分子；按照电性结构可分为有极分子和无极分子。不同物质的分子其微观结构，形状不同，分子的理想模型是把它看作球型，其直径大小为10^-10m数量级。分子质量的数量级约为10^-26kg。