1952年院系调整时，由原中央大学历史系、边疆政治系和金陵大学历史系合并而成。九十余年来，一批史学大师和著名学者先后在本系任教，如柳诒徵、缪凤林、陈训慈、郭廷以、沈刚伯、朱希祖、张贵永、贺昌群、雷海宗、罗尔纲、韩儒林、白寿彝、陈恭禄、王绳祖、蒋孟引、王拭、王觉非、茅家琦等，奠定了南大历史系的学科构架、基本特色及发展基础。目前本系有教职工60人，其中教授25人，副教授18人；担任研究生导师的41人，其中博士生导师16人。学生407人，其中博士生137人，硕士生140人，本专科生130人；博士后研究人员9人。
经过几代学者的辛勤努力，本系已形成较为完备的教学体系。全系设有历史学、考古学两个本科生专业，以及中国近现代史、中国古代史、世界史、专门史（国际关系史）、考古学5个博士点（含硕士点）。1995年，本系被确定为国家教育部直属的文科人才培养和科学研究基地。1996年，经国家人事部评审建立博士后流动站；并成为首批进入国家"211"工程的单位。1998年，本系经国务院学位办评审，获准按历史学一级学科招收博士生。本系世界地区、国别史为国家重点学科，中国近现代史为江苏省重点学科。
本系除所属各教研室外，设有一批具有专业研究特色和跨学科的科研机构。1985年－1995年期间，本系教师承担国家和国家教委项目65项，江苏省项目14项。1995年以来承担九五国家项目8项、国家部项目15项、江苏省项目14项。近五年来出版学术著作90余部，发表论文560余篇；同期获国家社科基金优秀奖1项，教育部优秀成果一、二等奖7项、教育部优秀教材一、二等奖2项、江苏省优秀成果一、二等奖10项。
历史系文物室藏品丰富，价值珍贵，包括石器、青铜器、玉器、陶瓷、碑拓、书画等，其展览厅可供师生教学研习之用。全系设有3个与国际联网的电脑室；多媒体教学报告厅设备齐全，功能多元，初步实现教学手段现代化。
历史系致力于加强与海内外的学术交流和合作，与10多个国家和地区建立了经常性的联系。有40多名海外著名教授以及访问学者先后在此讲学交流或攻读博士、硕士学位。举办了中华民国史、中国社会史、当代台湾研究、英国史等国际学术讨论会。历史系考古专业的师生参加了三峡地区的文物发掘与整理工作。目前，历史系承担的211工程重点项目已接近完成，今年承担了985工程项目9项，并正在负责筹建跨院系的国际关系研究院，努力为创建世界高水平大学作出新的贡献。
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