保送生和自主招生在招生条件、选拔方式、录取程序等方面都有较大差别，保送生是不需要参加高考的，而自主招生是在高考后、出分前试点高校组织学生考试。
选拔条件不同。自主招生选拔的主要是有创新潜质或者是有学科特长的考生，也会有少部分学校选拔单科或综合成绩突出的考生。而申请保送生限制条件会更加严格，2018年只有五类考生有资格报名，分别是公安烈士子女、中学奥赛国家集训队成员、退役运动员、省级优秀学生、以及一些外语中学推荐的学生。2020起省级优秀学生不再具有保送资格。
在选拔与考核方面，自主招生是需要参加全国高考的，高考结束后成绩公布前，具备自主招生选拔资格的高校自主组织学生笔试或者面试考核，具体考试形式由高校自行确定，最终公布审核通过考生名单及相应的降分情况。在高考前自主招生还有一个初审流程，学生要提交相关资料，各高校也会公示初审通过人员名单。保送生需要向保送学校提交申请所需相关资料，并参加有关学校的考核，学校确定拟录取名单后要公示后才可以录取。
流程不同。自主招生从三月简章发布开始，学生需要提交申请材料，然后等待高校审核并公示初审通过学生名单，接着要参加高考，然后要参加高校自招考核，等待公示名单，最后是填志愿看是否录取。保送生则很简单，提交保送申请及相关资料，公示后参加高校综合考核，通过后就不需要再参加高考了。