学院以甘肃道地药材，敦煌中医药文献，常见并疑难病的中医药防治等研究为重点，先后承担了国家、省部级和其它科研课题330余项，出版学术专著、教材477部，发表论文3300余篇，取得科技成果165项。中药生药学、中药鉴定学、伤寒学、中医骨伤科学、针灸学、中西医结合临床6个学科被确定为国家中医药管理局重点学科。中医骨伤科学、中西医结合临床、中西医结合心肾科、中医药科研实验中心等先后被评为省级重点学科。中药生药学、中医临床基础被授予甘肃省高等学校省级教学团队称号。中医内科学、中药学、伤寒学、中医骨伤科学、中医基础理论、中医诊断学、中医各家学说、中药鉴定学、医用生物学、温病学、中药化学11门课程被评为甘肃省省级精品课程。中国医学史馆、中药标本馆、敦煌中医药馆、人体标本馆被中宣部、教育部、科技部、中国科协确定为全国青少年科技教育基地。