线粒体和核糖体。线粒体拥有自身的遗传物质和遗传体系，但其基因组大小有限，是一种半自主细胞器。核糖体没有膜包被、由两个亚基组成、因为功能需要可以附着至内质网或游离于细胞质。
线粒体的作用
能量转化
线粒体是真核生物进行氧化代谢的部位，是糖类、脂肪和氨基酸最终氧化释放能量的场所。线粒体负责的最终氧化的共同途径是三羧酸循环与氧化磷酸化，分别对应有氧呼吸的第二、三阶段。
三羧酸循环
糖酵解中生成的每分子丙酮酸会被主动运输转运穿过线粒体膜。进入线粒体基质后，丙酮酸会被氧化，并与辅酶A结合生成CO2、还原型辅酶Ⅰ和乙酰辅酶A。乙酰辅酶A是三羧酸循环（也称为“柠檬酸循环”或“Krebs循环”）的初级底物。参与该循环的酶除位于线粒体内膜的琥珀酸脱氢酶外都游离于线粒体基质中。
核糖体生理功能
合成蛋白质。在生长旺盛的细胞中，每个核糖体和初生态的多肽链连接形成多聚核糖体。逐步将核糖体的蛋白质成分去掉不影响核糖体合成蛋白质的功能，核糖体的蛋白质成分只起维持形态和稳定功能的作用，起转录作用的可能是16S RNA 。